Jean-François de Galaup embarque en mars 1757 sur le Célèbre dans l’escadre commandée par le comte Dubois de La Motte et envoyée au secours de Louisbourg, sur l’île Royale. Il échappe à l’effroyable épidémie qui ravage les vaisseaux et la ville de Brest où il revient le 12 novembre 1757.
Le 22 février 1758, il embarque sur la frégate La Zéphyr dans l’escadre envoyée à Louisbourg aux ordres du Louis Charles du Chaffault, comte de Besné, pour secourir à nouveau Louisbourg. Le 15 août, La Pérouse passe sur Le Cerf puis, le 16 mai 1759, sur le vaisseau le Formidable dans l’escadre que le comte de Conflans prépare péniblement à Brest pour protéger un éventuel débarquement en Angleterre.
Le 20 novembre, cette escadre de vingt-et-un vaisseaux se heurte, à l’entrée de la baie de Quiberon, aux vingt-trois bâtiments britanniques commandés par l’amiral Hawke. Le Formidable, dans l’arrière-garde, doit supporter tout le poids de l’attaque ennemie et offre une belle résistance ; La Pérouse reçoit deux blessures et, fait prisonnier, il est presque aussitôt échangé.
Peu avant 16 h, le Formidable, amiral de l’escadre bleue, qui a volontairement ralenti sa marche pour soutenir ses navires, menace de couler bas lors d’une action où le même boulet tue les deux frères Saint-André du Verger : Louis a la tête emportée et Marc-Antoine le corps coupé en deux. Complètement désemparé, réduit à l’état de « carcasse recouverte de cadavres » après avoir essuyé les bordées d’au moins quinze adversaires, il est contraint de baisser pavillon alors que le reste de l’escadre anglaise arrive sur le champ de bataille. Le Formidable est amariné par le Resolution. Parmi les survivants du navire se trouve le jeune Lapérouse, futur explorateur du Pacifique sous Louis XVI.
En mai 1762, La Pérouse embarque sur le Robuste, dans la division commandée par le chevalier de Ternay, qui alla détruire les pêcheries britanniques de Terre-Neuve. En septembre 1763, Bidé de Chézac prend avec lui quelques Gardes de la Marine, dont La Pérouse, pour conduire de Lorient à Brest le vaisseau neuf Les Six Corps.
