En 1782, Lapérouse reçoit l’ordre d’entreprendre une mission secrète, qu’il avait aidé à préparer : aller détruire, à l’aide d’une flotte de trois bateaux dont il obtient le commandement, les forts anglais d’York et du Prince de Galles de la Baie d’Hudson, qui protégeaient des comptoirs assurant le commerce de fourrure. Lapérouse, commandant pour la première fois le vaisseau Le Sceptre, est accompagné par Fleuriot de Langle, aux commandes de la frégate L’Astrée, et par La Jaille avec la frégate L’Engageante. Par la suite, Paul Fleuriot de Langle, marin d’origine bretonne né en 1744, deviendra le commandant du second bateau de Lapérouse pour le grand voyage dans le Pacifique.
Il faut préserver le secret dans des Antilles remplies d’espions, d’où un sous équipement manifeste contre le froid. Le créneau nautique pour pénétrer dans la baie d’Hudson est très court entre la débâcle et les premiers gels, avec des cartes marines très insuffisantes, bien que l’on connaisse la forme générale de la baie.
Durant les batailles de la Baie d’Hudson, Lapérouse se distingue non seulement par ses réussites sur le plan de la navigation, en l’absence de cartes précises, sa réussite sur le plan militaire, mais aussi par son comportement humaniste, respectueux des vies humaines aussi bien françaises qu’anglaises ou indiennes. En effet, en repartant, Lapérouse laisse provisions et armes pour les soldats britanniques laissés sur place, leur permettant d’attendre d’être rapatriés en Angleterre. Lapérouse rencontre, parmi les soldats anglais, le gouverneur Hearn, grand explorateur de l’Arctique, qu’il respecte beaucoup.