Une fois ses études terminées, la paix est revenue en France, et les emplois dans la Marine se font rares. Lapérouse navigue les côtes françaises de l’Atlantique en transportant du bois, entre Bayonne et les chantiers navals de Rochefort et de Brest, participant ainsi à la reconstruction de la flotte française après la guerre.
En 1772, le chevalier de Ternay est nommé Gouverneur de l’Île-de-France, aujourd’hui l’Île Maurice : son protégé, Lapérouse, l’accompagne. Depuis Port-Louis d’Île-de-France, Lapérouse effectue de nombreuses missions de ravitaillement dans l’Océan Indien à bord de L’Africain. En 1773, Ternay lui confie le commandement du navire La Seine, avec lequel il entreprend deux expéditions jusqu’en Inde, dont la seconde lui vaut la Croix de Saint-Louis à son retour en France.
À l’Île de France, Lapérouse rencontre Éléonore Broudou, fille d’un fonctionnaire de l’île. Du fait de l’origine bourgeoise de ce dernier, le père de Lapérouse, Victor-Joseph de Galaup, s’oppose à leur mariage – ce n’est que dix ans plus tard, en 1783, que Lapérouse épousera Éléonore, à Paris, après que leur histoire ait connu de nombreuses péripéties. Lapérouse ne rentre en France qu’en 1777, soit un an avant que la France ne rentre en guerre contre l’Angleterre au côté des colons insurgés d’Amérique. Il rejoint alors les combats, assurant le commandement de la frégate Amazone, avec la flotte commandée par le comte d’Estaing. Puis, sous les ordres de Ternay, il prend les commandes de la frégate L’Astrée, et rejoint enfin le commandement de l’amiral de Grasse, avant d’être promu capitaine de vaisseau en 1781 à l’occasion de la bataille de Louisbourg.
